Από την άλλη, η λαρυγγοφαρυγγική παλινδρόμηση συνδέεται σχεδόν πάντα με μια κατάσταση νόσου. Αξίζει επίσης να σημειωθεί ότι ο βλεννογόνος του οισοφάγου είναι πιο ανθεκτικός στις γαστρικές εκκρίσεις σε σύγκριση με το λαρυγγικό αυλό. Αιτιοπαθογενετικά, έχουν ενοχοποιηθεί τα εξής: διαταραχή λειτουργίας κάτω οισοφαγικού σφιγκτήρα, διαταραχή λειτουργίας άνω οισοφαγικού σφιγκτήρα, οισοφαγοκήλη (κυρίως η διολισθαίνουσα), γαστρίτιδα, πεπτικό έλκος, πυλωρική στένωση, καλοήθεις ή κακοήθεις παθήσεις στομάχου και οισοφάγου, νευρολογικές παθήσεις, παρενέργειες φαρμάκων, παχυσαρκία, διατροφικές συνήθειες και έξεις (πχ αλκοόλ, αεριούχα ποτά, μεγάλα λιπαρά γεύματα, κατάκλιση αμέσως μετά το γεύμα).

Ανάλογα με τον ασθενή και με την αιτιολογία, άλλες φορές συνυπάρχουν εκδηλώσεις της νόσου γαστροοισοφαγικής και της λαρυγγοφαρυγγικής παλινδρόμησης, ενώ σε άλλες περιπτώσεις μπορεί να προεξάρχουν συμπτώματα ή ευρήματα της νόσου γαστροοισοφαγικής ή της νόσου λαρυγγοφαρυγγικής παλινδρόμησης. Στη νόσο γαστροοισοφαγικής παλινδρόμησης (νΓΟΠ) η κλινική συμπτωματολογία περιλαμβάνει συνήθως ένα ή περισσότερα από τα εξής: όξινες αναγωγές, ερυγές, οπισθοστερνικό άλγος ή καύσο, συνοδά δυσπεπτικά ενοχλήματα, ναυτία, επεισόδια εμέτου (σπάνια), δυσφαγία ή οδυνοφαγία.

Στη νόσο λαρυγγοφαρυγγικής παλινδρόμησης (νΛΦΠ) η κλινική συμπτωματολογία περιλαμβάνει συνήθως ένα ή περισσότερα από τα εξής: προσπάθεια αυτοκαθαρισμού του λαιμού, αίσθημα ξένου σώματος ή στάσης σιέλου στο λαιμό, υποτροπιάζον βράγχος φωνής ή άλλη δυσφωνία, χρόνιος βήχας.