Η θεραπεία περιλαμβάνει αρχικά την κατά το δυνατόν αφαίρεση των μαζών των μυκήτων από τον έξω ακουστικό πόρο με χρήση αναρρόφησης ή και ωτολαβίδας υπό ωτομικροσκόπηση. Ακολούθως, γίνεται σύσταση για εφαρμογή αντιμυκητιασικών ωτικών σταγόνων για 10-15 μέρες, ανάλογα με τη βαρύτητα της νόσου ώστε να αντιμετωπιστεί η ωτομύκωση, αλλά και να αποφευχθεί η υποτροπή της. Επίσης, συστήνεται να αποφεύγεται η είσοδος νερού στον έξω ακουστικό πόρο και η χρήση ωτοασπίδων, ακουστικών ή μπατονέττας αυτοκαθαρισμού για 15 μέρες.

Τέλος, αναφέρεται η εξαιρετικά σπάνια περίπτωση διεισδυτικής ωτομύκωσης σε βαριά ανοσοκατεσταλμένους ασθενείς ή σε περιπτώσεις συνυπάρχουσας κακοήθειας στον έξω ακουστικό πόρο. Όπως είναι προφανές, σε αυτές τις σπάνιες περιπτώσεις η κλινική εικόνα μπορεί να περιλαμβάνει έντονη ωταλγία με δύσοσμες ωτικές εκκρίσεις. Επίσης, είναι πιθανά ένα ή περισσότερα από τα εξής: διάτρηση της τυμπανικής μεμβράνης, προσβολή του οστέινου έξω ακουστικού πόρου και συνεπώς και του κροταφικού οστού (σπάνια), μαστοειδίτιδα (σπάνια), μηνιγγίτιδα (σπάνια). Σε αυτές τις περιπτώσεις είναι απαραίτητη η λήψη καλλιέργειας ωτικού εκκρίματος από την οποία απομονώνεται συχνά ο Aspergillus Fumigatus, καθώς και η καλλιέργεια αίματος, ενώ μπορεί να χρειαστεί και αξονική τομογραφία λιθοειδών οστών ή και εγκεφάλου με ή χωρίς τη χρήση ενδοφλέβιου σκιαγραφικού. Επίσης, σε αυτές τις εξαιρετικά σπάνιες περιπτώσεις είναι απαραίτητη η χορήγηση αντιμυκητιασικών φαρμάκων συστηματικά (από το στόμα ή ενδοφλεβίως) ή ακόμα και ο χειρουργικός καθαρισμός υπό γενική αναισθησία. Ευτυχώς, αυτή η κατάσταση της διεισδυτικής ωτομύκωσης σχεδόν δε συναντάται στο γενικό πληθυσμό.